南阳医专档案中心是集中统一管理和提供利用学校各类档案的专门机构。中心成立于2021年1月，副处级建制。前身是学校综合档案室，副科级建制，隶属于党政办公室。中心现有工作人员5人，其中主任1名、副主任1名、科长1名、专职档案管理员2名。中心内设综合科，同时，全校有档案立卷单位47个，每个立卷单位均有一名档案工作分管领导和兼职档案员，在中心的统一指导下，负责本单位档案的收集、整理和归档移交工作。

 中心位于学校仲景西区2号办公楼东1-2层，建筑面积500余平方米，其中库房面积约300平方米。中心建有档案收集整理室、档案检索查阅室、档案信息技术室、档案数字化处理室、档案专用库房及办公室，实行办公、阅览、库房三分开。

中心基础设施设备完善，安装有七氟丙烷气体灭火装置和视频监控系统，配备有密集架、密闭五节柜、目录柜、计算机、复印机、档案盒打印机、归档章打印机、温湿度记录仪、漏水报警器、加湿机、除湿机、空调等设施设备，确保档案实体和信息安全。

中心现保存着南阳卫校、南阳中医药学校（含原张仲景国医大学、云阳中医药学校）和南阳医专5个全宗10个种类（文书档案、会计档案、科研档案、基建档案、设备档案、招标档案、学籍档案、出版档案、声像档案、实物档案）共计19000 余卷（册）、9800余件档案。记录了学校70多年的发展历程和办学成就。

中心严格遵循“为党管档，为校守史，为师生服务”的宗旨，充分发挥档案工作“存史、资政、育人”的作用，积极服务于学校教学、科研、医疗及管理工作，服务于广大师生、校友和社会。每年为学校开展重要工作、举办重大活动，提供了大量的原始档案材料，为广大师生、校友职务提升、职称晋升、报考研究生、公务员、各类招聘考试、执业资格考试学历认证，出具了大量详实的档案证明材料。

近年来，在学校各级领导的重视支持下，学校档案工作稳步发展，逐步走向科学化、制度化、规范化。