南阳医专档案中心是集中统一管理和提供利用学校各类档案的专门机构。中心成立于2021年，副处级建制，下设综合科和档案保管利用科。前身是学校综合档案室，副科级建制，隶属党政办公室。中心现有在编人员5人，其中副研究馆员2人。

档案中心位于学校仲景西区2号办公楼东1-2楼，建筑面积500余平方米，其中库房面积350平方米。中心实行办公、阅览、库房三分开，建有独立的档案收集整理室、档案检索查阅室、档案信息技术室、档案数字化处理室、档案专用库房及办公室。中心基础设施设备完善，安装有洁净气体灭火系统和视频监控系统，配备有密集架、密闭五节柜、目录柜、防磁柜、计算机、复印机、档案盒专用打印机、归档章打印机、自动装订机、温湿度记录仪、漏水报警仪、加湿机、除湿机等设施设备，确保了档案实体和信息安全。中心现有文书、基建、会计、学籍、照片、录像、出版物、实物、电子等9个门类30152卷/件档案，记录了学校70多年的发展历程和办学成就。

档案中心秉持“为党管档，为校守史，为师生服务”的宗旨，充分发挥档案工作存史资政育人的作用，积极服务于学校教学、科研、医疗及管理工作，服务于广大师生、校友和社会。每年为学校开展重要工作、举办重大活动，提供了大量的原始档案材料，为广大师生、校友职务提升、职称晋升、报考研究生、公务员、执业资格考试学历认证等，出具了大量详实的档案证明材料。

近年来，中心在学校党委、行政的正确领导下，坚持以档案管理规范化、标准化、信息化建设为抓手,以构建档案资源体系、档案利用体系、档案安全体系为落脚点，各项工作有序推进，稳步发展，逐步走向制度化、规范化、科学化。